還幸祭には、三御旅所に駐輦されていた神輿と月読社の唐櫃とが、西寺跡の｢旭の杜｣に集合し、ここで古例による西の庄の粽の御供、赤飯座（あかいざ）の特殊神饌をお供えして祭典をした後、列を整えて途中朱雀御旅所に立ち寄り、ここでも祭典、次いで七条通りを西に進み、西京極、川勝寺、郡、梅津の旧街道を経て、松尾大橋を渡り、本社に還御されます。

この還幸祭は神輿渡御祭の中心で、今でも氏子中で「おまつり｣と言えば、還幸祭（おかえり）を意味します。本社でも本殿、楼門、社殿、各御旅所の本殿、神輿から供奉神職の冠・烏帽子に至るまで、葵と桂で飾るので、古くから｢葵祭｣とも言われてきました。賀茂両社の｢葵祭｣は観光名物としてあまりにも有名ですが、秦氏との関係の深い当社や伏見稲荷大社にも実は同様の伝統が存在しています。

また還幸祭には下津林地区から選ばれた稚児が｢松尾使｣として奉仕します。